商家只开电子发票，不开纸质发票，不违反规定，因为电子发票与纸质发票的法律效力是一样的。
电子发票是信息时代的产物，同普通发票一样，采用税务局统一发放的形式给商家使用，发票号码采用全国统一编码，采用统一防伪技术，分配给商家，在电子发票上附有电子税务局的签名机制。
2012年年初在北京、浙江、广州、深圳等22个省市开展网络（电子）发票应用试点后，国家税务总局在发布的《网络发票管理办法（征求意见稿）》中提到，国家将积极推广使用网络发票管理系统开具发票，并力争在三年内将网络发票推广到全国。
优点
发行电子发票将大幅节省企业在发票上的成本，节约发票印制成本，而且不包括企业发票管理间接成本。而且电子发票系统可以与企业内部的ERP、CRM、SCS等系统相结合，发票资料全面电子化并集中处理，有助于企业本身的账务处理，并能及时给企业经营者提供决策支持。
电子发票在保管、查询、调阅时更加方便，也便于电子商务网站为消费者提供更加方便的服务。而且可以减少纸质发票的资源浪费现象，将减少森林的砍伐，更加的环保，符合未来人类的发展。
法律主观：
公司开发票的规定如下：1、如果是开具正数专用发票流程：首先，要打开电脑，点击进入系统，点击发票管理，点击发票开具管理，点击发票填开，点击发票号码确认，点击进入专用发票填开界面，填写购货方信息和商品信息，最后打印发票。2、开具带销货清单的专用发票开具流程：操作同上，但增加一点，填写购货方信息的时候，点击“清单”按钮，进入销货清单填开界面，填写各条商品信息，点击退出返回发票界面，打印发票，已开发票查询中查询，打印销货清单。
法律客观：《中华人民共和国发票管理办法》第十九条 销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票；特殊情况下，由付款方向收款方开具发票。 《中华人民共和国发票管理办法》第二十三条 安装税控装置的单位和个人，应当按照规定使用税控装置开具发票，并按期向主管税务机关报送开具发票的数据。 使用非税控电子器具开具发票的，应当将非税控电子器具使用的软件程序说明资料报主管税务机关备案，并按照规定保存、报送开具发票的数据。 国家推广使用网络发票管理系统开具发票，具体管理办法由国务院税务主管部门制定。
