古代瘟疫发生原因如下：
第一个方面是瘟疫的产生与传播。产生原因可分为两个要素。一是自然因素，即我们熟知的四种自然灾害：水灾、旱灾、蝗灾、地震。这四种灾害的发生经常是很难预料的，而且它们有时甚至是相伴而生，造成严重后果。水灾和地震的直接后果都是人和牲畜的大量死亡。
大量的人畜尸体若得不到及时的处理，便容易形成疫病的传染源。旱灾和蝗灾则是造成庄稼欠收，粮食不足，继而导致人畜的死亡和传染源的形成。二是社会因素，包括战争和饥荒。战争在古代并不少见，比如王朝交替时的战争、民族之间的争夺、以及大大小小的农民起义。
战争之后，不免尸横遍野，死伤无数，如果处理不周，也容易形成疫病。至于饥荒，它的结果和前面的例子非常相似，不再赘述。
当这些自然或人为的灾害发生时，人们会进行迁徙来躲避灾难，迁徙使得疫病广泛地在人与人之间相互传染。即使不发生迁徙，人们相聚而居，接触频繁，也极易导致疫病的流传。所以一人得病，可能全家乃至全村都跟着遭殃。
第二个方面是应对不当。显然，古人有其不可避免的时代局限性。在面对瘟疫肆虐时，人们往往很难有效地应对。就大的社会背景而言，各种自然和人为的灾害在瘟疫来临之前已经严重地破坏了社会生产。
人们早已没有充足的物质条件来及时实行防护和治疗，即使有，效果也相对有限。而中央的救治由于时空的距离，也难以及时到达地方。就个人而言，恶劣的生存环境使人的营养状况变得十分不理想。
