水产学院的前身是由著名科学家曾呈奎、朱树屏于1946年筹建创设的山东大学水产系，是我国最早建立的高等水产教育单位。早在六十年代初期就招收过硕士生。文革后继续招收硕士生，并于1984年获得养殖学和捕捞学硕士学位授予权，1985年获得渔业资源学硕士学位授予权，1987年获得水产养殖博士学位授予权，1998年获得渔业资源博士学位授予权和水产一级学科博士点，1999年被批准为水产一级学科博士后流动站。1989年水产养殖学科被评为国家重点学科，在2001年、2004年、2007年 三次均以第一名通过国家重点学科评估。经过“211”和“985”工程的建设，2007年水产学科（涵盖水产养殖、渔业资源、捕捞学3个二级学科）被评为一级学科国家重点学科。
