两座岛分别是夕暗岛和日暮岛，夕暗岛上发现了金块，日暮岛上的人就设法夺取，夕暗岛上的掌权者中有一个叫日冲龙二的因为未分到金块便与日暮岛上的人联合夺取金块，便杀害夕暗岛上的其他掌权者，妄图夺取金块，后来为了夺取金块，将全岛的人聚集到矿坑中，制造了矿坑坍塌事故，日暮岛上的人直接将岛的名字改为夕暗岛，夺取到金块并且发展起来，而真正的夕暗岛就从地图上消失了，那次事故中只有5个小孩（鸟羽美鹤鸟羽美悠，鸟羽美佐（
双胞胎）的母亲
日冲龙平
三井京太郎在新夕暗岛叫浅见京太郎连续爆炸案凶手
，一之濑惠子，双叶秀熊）到幸存，他们就决定通过重现25年前的惨剧来复仇，将现在夕暗岛上的掌权者当作原来的掌权者带到原来的夕暗岛上以原来的手法杀掉。（岛上的居民都是因为欠下日冲龙平高额债务才被迫完全听从日冲的话）。由于鸟羽美悠的背叛（因为不是由母亲养大，仇恨没有那么深），将金田一和柯南吸引到岛上来揭开谜团，并且将金田一带到原来的夕暗岛上，鸟羽美悠被一之濑惠子杀害。鸟羽美悠被杀害后，引起鸟羽美佐对犯罪的迷茫，将少年侦探团带到夕暗岛上。最后的结局是柯南阻止了三井京太郎炸毁两座岛屿（柯南拿出了三井母亲的徽章，引起了三井的迟疑，然后用足球击落了他手中的遥控器，三井尽管口中说着不服，但内心已经被柯南感动），金田一阻止了日冲龙平杀死自己的父亲日冲龙二（日冲龙二为了金块杀死了自己的妻子也就是龙平的母亲，这使得龙平怀恨在心，但是之前的一系列事件并没有给龙平带来复仇的快感，反而使他迷茫，就在他要开枪的时候，美佐出现用枪指着龙平，龙平故意激怒美佐，希望他杀死自己，被金田一阻止，停止了复仇）。
