首先把原料秸秆（也可用杂草、落叶、垃圾等含纤维素、半纤维素、木质素的物质）铡成6-7厘米左右长，按秸秆500公斤、骡马粪300公斤（或猪粪牛粪）、人粪尿100公斤的比例混合拌匀，堆成高1.7-2米，宽5-6.7米的长方形大堆，最后浇上700-800公斤水，并在堆表面盖上一层3-6厘米厚的细土，以保温、保水、保肥。约一周后，堆温会上升至60-70℃左右（冬季时间相对长些），过10天可翻堆1次，再补充水分；再等10天堆温第二次升高后，进行第二次翻堆，再补充水分。
未经腐熟的有机肥中，携带有大量的致病微生物和寄生性蛔虫卵，施入农田后，一部分附着在作物上造成直接污染，一部分进入土壤造成间接污染。另外，未经腐熟的有机肥施入土壤后，要经过发酵后才能被作物吸收选用，一方面产生高温造成烧苗现象，别一方面还会释放氨气，使植株生长不良，因此，在施用有机肥时一定要充分腐熟。
腐熟有机肥标准是：堆肥材料（如秸秆）已近黑、烂、臭的程度颜色为褐色或灰褐色，发酵物温度降至35度以下，无臭味，有淡淡的氨味。这时就可以把堆夯紧实，周围用土封严以保住养分备用。
通过以上程序制出的堆肥一般含有机质15％-25%，含氮素0.4％-0.5%，含磷0.18％-0.26％，含钾0.45％-0.67％，碳氮比为16-20：1，颜色为褐色，汁液为棕色，有机质易拉断和变形。
关键步骤
在进行无公害蔬菜的生产时，专家们都推荐使用堆肥等优质有机肥，在堆制堆肥时，为了使堆肥符合国家规定的卫生标准，其最关键步骤在于堆肥的升温，一般来说温度必须要升到60-70度，并且在这个温度上维持6-7天，这样才能达到肥效好，有害生物也能被杀灭的效果。在实践经验中可以用一个温度计测量堆温（有经验了可用手去堆肥内感觉），到60度后维持10天的时间就可以了，当然为了使堆肥腐熟均匀，实践中还要进行两次翻堆，这样堆制的堆肥就是上好的有机肥料。
自制堆肥
堆肥一般用作基肥，结合翻地施用，并与土充分混合，做到土肥相融。堆肥适合各种土壤和农作物，通常砂质的土壤可用半腐熟的堆肥，粘重的土壤须用完全腐熟的堆肥。施用堆肥能增加土壤肥力（由于堆肥中含大量的有机质，这些有机质在分解过程中会产生大量的腐殖质，可以促进土壤团粒结构的形成，增强土壤保水保肥能力，能使土壤变得疏松、易于耕作），并补充土壤大量微生物类群，给农作物带来肥效持久而稳定的氮、磷、钾及钙、镁、硫等有机态肥料，有利于农作物更好的生长。目前发展“无公害农产品”、“绿色农产品”、“有机农产品”及提高土地肥力的复种指数，在生产上大力提倡施用堆肥等有机肥料是一个必由途径。在生产实践中，由于不同的作物需要的肥料各不相同，在施用堆肥之外，还需配合施用氮、磷、钾等无机化肥，以便更好的发挥肥效。堆肥唯一的缺点是体积大，给运输带来很大的不便。
