出现列车门故障。北京地铁六号线青年路地铁站遭遇故障。北青报记者在现场看到，因乘客太多，导致地铁屏蔽门无法关闭。北京六号线20号门出现故障。列车暂停数分钟后，列车广播称“因列车故障，请所有乘客立即下车”。约三分钟后，列车完成清车。
2012年11月19日，1号线信号系统故障，延误近2小时。
2012年11月21日，1号线徐州新村站，因车门故障，列车间隔延长到20分钟。
2012年11月21日，1号线信号系统故障，车辆报站错误6分钟。
2013年1月6日，2号线过江段，疑因小动物挡道，列车临停5分钟。
2013年2月7日，2号线小龟山站，因乘客皮包掉下车，列车临停7分钟。
2013年3月18日，2号线循礼门站，因车门夹物导致异常，列车临停1分钟。
2013年4月2日，2号线虎泉站，因车门故障，列车临停8分钟。
2013年4月18日，1号线信号系统故障，古田一路至舵落口区间列车无法以自动模式行车，改为后退模式限速运行近6小时。
2013年4月26日，2号线因信号故障，列车临停13分钟。
2013年6月2日，2号线因地铁长港路站发生信号故障，金银潭往光谷广场方向全线短暂停运约6分钟。
2013年7月10日，1号线设备故障，黄浦路站至头道街站区间列车运行缓慢近1小时。
2013年7月27日，2号线因光谷广场站折返岔道发生故障，临时改为金银潭至广埠屯小交路运行近2小时。
2013年8月27日，2号线广埠屯站，因B04列车车门故障，列车停运10分钟。
2013年8月27日，1号线因设备故障，东吴大道站至舵落口站由3列车往返运行，发车班次比平常延长8分钟。
2013年11月20日，售检票系统早高峰出现故障，首发纸质票。
2014年1月7日，1号线因硚口路STC设备发生故障，导致开往东吴大道方向班次延长。
2014年1月30日，2号线因列车故障，开往金银潭方向班次延长。
2014年2月18日，1号线因雨雪造成延误，2号线因列车故障造成列车行车间隔过大。
2014年3月12日，4号线列车因车门故障，导致往武昌站方向的列车临时停车，延误时间10分钟左右。
2015年7月23日，4号线王家湾站站外工地施工导致雨水涌入轨行区，临时改变为武汉站至五里墩站小交路运行。
2015年8月3日，4号线突发信号故障，导致部分站点列车停站时间延长。
2015年10月15日，2号线往光谷广场方向行驶的B28车抵达宝通寺站后，出现设备故障，导致列车多节车厢牵引系统同时失效，随后行驶至中南路站进行清客处理后，退出正线运营，运营逐步恢复正常。
2015年11月4日，7时26分，2号线B15号列车从光谷广场站出发后，司机发现列车牵引力不足，运行速度有所降低，并造成后续的三辆列车1至2分钟的轻微延误。7时50分，B15号列车在小龟山站退出正线，由备用车B10替换投入运营，造成B15号车延误4分钟，全线其他列车未发生2分钟以上的延误。
2015年12月29日，3号线汉阳客运站和沌阳大道站因行车设备间的通信不稳定，造成信号设备重启，影响部分区段行车延长6至8分钟。
2016年1月8日，4号线受大雾天气影响，早上6时开班，永安堂站至黄金口站高架区段双向列车限速20km/h运行，限速区段列车平均间隔延长至7分钟。上午7时16分，由于天气稍有好转，永安堂至黄金口段双向列车限速调整为50km/h运行。9时40分，限速取消，全线恢复正常运营。
2016年2月1日，10 时 23 分左右，1 号线古田四路站有一名乘客坠入站台，工作人员紧急处置，14 分钟后，列车恢复正常。
2016年3月14日，16:58，1号线崇仁路站道岔设备故障，改为人工方式行车，崇仁路站至硚口路站上行区间行车间隔增大，17:45故障排除逐步恢复正常。
2016年4月1日，12:53，4号线黄金口站道岔区段出现计轴故障，影响折返，改为玉龙路站至武汉站小交路折返，13:12恢复。
