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奥德博士改成小田卷博士了，选性别取名字。调表，下楼。来到隔壁邻居家，研究怪兽球，对手小遥出现。暖暖猪，技能：撞击，叫声；藤叶蛇，技能：撞击，瞪眼；球海獭，技能：撞击，摇尾。对方是Lv.2的蛇纹熊，轻松搞定回到研究所，得到精灵，对话后去寻找小遥。向上走在幻影之森找到小遥，对话后佐罗亚出现，打败后加入队伍。
《口袋妖怪：漆黑的魅影》5.0版本中，一上来就是小田卷博士与我们对话，根据引导设定好自己的性别以及名字，然后剧情是玩家扮演的主角陷入了莫名的沉睡，目前是在进行引导主角醒过来的实验中。
在小田卷博士的引导下正式开始黑魅之旅，选好性别、名字，首发场景是小田卷的研究所，主角和女主都陷入了不明原因的沉睡。阿克罗玛说要用奇怪的装置引导主角清醒过来。漆黑创世传说，包含了一二三周目地区的预告。然后是主角的梦境里，选择最上方的红色大门，其他两个进不去。回到了卡车内，这是主角来到芳缘的第一天。
下车，妈妈来打招呼，然后是上楼，调时间。调好后妈妈会过来对话，可以从电脑里拿出一个伤药。依然看不到爸爸的镜头，妈妈说要你去找小田卷博士，博士不在家，先去拜访一下邻居。去二楼调戏下小遥，就出门吧。向上走，发现小田卷博士再次被追了。
选初始精灵，回到研究所里，从博士那里拿到精灵后答应去找小遥。向上穿过101号道路，来到古辰镇，在店员那里拿到一个伤药，继续向上，在幻影之森找到索罗亚变成的小遥。被识破后进入战斗，战斗胜利后得到Lv.5索罗亚。小遥表示要跟主角在103号道路比试，在下方路口找到小遥，对话进入战斗，胜利后得到小遥的半个爱心球。原路回到研究所，得到精灵图鉴和精灵球*5。
1、首先进入游戏选择性别并命名角色，开始游戏。
2、主要玩法是不断收集宠物并训练其变得更强，最终打败四大天王拿下冠军。
3、同时瓦解熔岩团和水战团两个反派的阴谋，即可达成通关，一路上也不要错过各种有关神兽的剧情和战斗。
